El Salvador, cùng với phần còn lại của Trung Mỹ, là một trong những khu vực hoạt động địa chấn nhất trên trái đất, nằm trên đỉnh ba trong số các mảng kiến tạo lớn tạo thành bề mặt Trái đất. Chuyển động của các mảng này gây ra động đất và hoạt động núi lửa của khu vực.

Hầu hết các khu vực Trung Mỹ và Tây Ấn đều nằm trên mảng Caribe tương đối bất động. Tuy nhiên, tầng Thái Bình Dương đang di chuyển về phía đông bắc bởi chuyển động cơ bản của mảng Cocos. Vật chất đáy đại dương chủ yếu bao gồm bazan, tương đối dày đặc; khi nó va chạm với những tảng đá hoa cương nhẹ hơn ở Trung Mỹ, đáy đại dương bị ép xuống dưới khối đất, tạo nên rãnh sâu Trung Mỹ nằm ngoài khơi bờ biển của El Salvador.

Sự hút chìm của mảng Cocos là nguyên nhân của tần suất các động đất gần bờ biển. Khi những tảng đá cấu thành đáy đại dương bị ép xuống, chúng tan chảy, và vật chất nóng chảy tràn lên qua những điểm yếu trên bề mặt đá, tạo ra núi lửa và mạch nước phun.

Phía bắc của El Salvador, Mexico và hầu hết Guatemala đang di chuyển trên mảng Bắc Mỹ đang di chuyển về phía tây nối sát rìa phía bắc của mảng Caribe ở miền nam Guatemala. Hoạt động va chạm của hai mảng này tạo ra một đứt gãy (tương tự như đứt gãy San Andreas ở California) chạy theo chiều dài của thung lũng Rio Motagua ở Guatemala. Chuyển động dọc theo đứt gãy này là nguồn gốc của các trận động đất ở cực bắc El Salvador.

El Salvador có một lịch sử lâu dài về các trận động đất tàn phá và núi lửa phun trào. San Salvador đã bị phá hủy vào năm 1756 và 1854, và bị thiệt hại nặng nề trong những năm 1919, 1982 và 1986. Đất nước này có hơn hai mươi núi lửa, mặc dù chỉ có hai núi là San Miguel và Izalco đã hoạt động trong những năm gần đây. Từ đầu thế kỷ XIX đến giữa những năm 1950, Izalco đã phun trào với một mức độ thường xuyên mà khiến cho nó được gọi là "Ngọn hải đăng Thái Bình Dương". Ngọn lửa rực rỡ của nó có thể được nhìn thấy rõ ràng từ một khoảng cách rất xa trên biển, và vào ban đêm, dung nham phát sáng của nó biến nó thành một hình nón phát sáng rực rỡ.